目前臺灣債券市場存在的問題除發行市場方面的發行機構過少、債券發行不規則、商品種類太少等問題外，更多的是交易市場存在的問題，包括：市場交易結構不健全、淺碟型交易市場、缺乏工具與市場、外資進入債券市場限制過多、缺乏歐洲美元市場、電子交易系統使用太少、欠缺專責債券借貸機構、債券支付交割作業模式不健全等。
第一，公司債比重過低。臺灣雖自1949年起就有企業發行公司債，但長期以來債券市場一直是以公債為主體的券種結構。截至2009年3月，臺灣公債占債券交易總額的98.7%，而公司債僅占1%左右。對臺灣企業來說，通過銀行系統進行間接融資是其最主要融資途徑，占70%（美國企業間接融資比重是40%），而在30%的直接融資中，臺灣企業通過直接發行公司債券的融資比重不到1%，這種高度依賴銀行的融資結構對企業財務來說是有較大系統性風險的。
第二，債券發行與交易過低。臺灣公債發行主流多以10年期以上的長期公債為主，而美國、日本債市多以中短期公債為主。相對而言，臺灣債券市場的存續期間較長，利率風險也較高，對想避險的外資買家來說，長期債券波動的幅度較大，投資組合難以建立；而對于想要做短期套利或投資的買家來說，由于長期債券的流通性較低，也降低外資的投資意愿。由交易面看，臺灣債券的交易量偏低，交易量不足將產生價差過大、容易炒作、不容易出售等問題，將會降低投資者的報酬，以及投資意愿。
第三，欠缺避險工具。臺灣債市的避險工具一直存在不夠完備的問題，由于臺灣公債市場以長期公債居多，且流動性不足，不管在現貨市場還是期貨市場均難以成交，難以滿足外交的避險需求。雖然柜臺買賣中心在2004年建立了債券借券中心，使投資者能夠借券買賣，但借券來源依然缺乏，無法確保能夠順利取得券源，放空避險的市場機制也將無法發揮實際效果。此外，由于臺灣債券市場沒有穩定可靠的債券市場指數，更沒有債券指數期貨，市場長期以來并不具備空頭工具，因此缺乏避險渠道，造成市場多空力量不均衡，實際上形成了市場價格機能障礙，也間接造成長年期收益率曲線無法形成，對衍生商品的設計及發展相當不利，對市場的交易規模擴大也有負面影響。
第四，開放程度偏低。臺灣債券市場2007年以前沒有國際債券的發行，具交易與結算方面也缺乏跨境作業系統。當臺灣債券市場無法提供以外幣計價的國際債券，或者是債券的交易不足以滿足外資投資者的需求時，自然會降低外資流入臺灣債市的可能。直到2007年3月，臺灣通過第一支國際債券的發行，逐步改善電子交易系統，向國際化邁進一步。此外，臺灣債市國際整合程度不夠。近年來世界各大交易所均致力于交易系統的改革與整合，如歐洲幾國的交易所整合為泛歐交易所，英國的洲際交易所并購了紐約的商品交易所，都起到了促進資金流通、提升效率的效果。
第五，債券法規缺乏整合。臺灣尚無關于債券市場的專門法規，相關規定分散在“公司法”、“證券交易法”、“金融資產證券化條例”、“不動產證券化條例”等法規中，甚至出現針對不同債券產品的法規政策間互有沖突的現象。因此，島內不斷有人呼吁，提升固定收益金融商品結算交割法律地位，出臺專門針對固定收益證券的法規。
此外，債券市場不健全還造成臺灣其它金融市場的多種問題。例如，債券市場不發達，使島內銀行大量資金找不到穩定的投資機會，同時，銀行信貸取得的擔保品，絕大部分是股票和房地產，同質性過高，增大整個間接金融市場的風險。臺灣保險業也因島內債券市場不活躍而配置在債券的投資過少，以致在低利率時代壽險業損失嚴重。“四大基金”等也因參與債券市場投資過少而遭遇經濟困境。
為解決長期以來存在的問題，臺灣當局2006年通過“金融市場套案”計劃，內容涵蓋包括債券市場在內的金融市場的重建與整合措施，計劃提升臺灣債市的國際化程度，以降低全市交易障礙、提升債市交易效率、推進建設國際化債券市場的目標。在此基礎上，島內學界也對改善臺灣債券市場提出各種建議，主要對策包括：
第一，擴大債券市場規模，提高債務基金的管理績效。臺灣相關法規規定當局舉債上限15%，有不少意見主張放寬上限標準。事實上，即使在公債上限管制下，當局仍可通過特種基金的科目以及編列特別預算來發行公債，這些公債的發行不受“公共債務法”流量指標管制的約束，只要立法部門同意即可。除增加公債發行外，還需要提高債務基金的管理績效。
第二，改革“中央公債交易商制度”。1971年臺灣首度建立了債券經紀人體制，當時臺灣當局指定10家大型金融機構作為公債經紀人，并于同年7月成立“公債經紀人商業同業公會”，制定“債券經紀人買賣公債辦法”，將交易方式分為集中市場與柜臺買賣兩種實施，使更多投資資金能以更有效率的渠道進入市場，保證了臺灣債券市場的順利而穩健的發展。1990年代初，臺灣當局開始改變公債初級市場標售方式，采“中央公債交易商制度”，島內債券市場公債標售效率大幅提升，整體市場規模急速擴大，次級市場成交量并屢創新高。但臺灣“中央公債”交易商偏重初級市場的業務規范，而在次級市場沒有各級造市，只有自營操作而少有經紀業務，造成臺灣公債市場交易不活躍、流動性差，因此有人提議從信用、報價、交易等方面選擇合乎資格的交易商擔任“中央公債主要交易商”。
第三，發展“境外債券市場”。鑒于在債市上有關匯率的避險工具不足，考慮風險因素，需要提供外幣交叉匯率或期貨等避險工具，提高外資參與意愿。島內有報告提出建立“境外債券市場”，參考新加坡的發展經驗，初期以外幣發行的債券作為涵蓋標的，島內外發行人和投資人均包含在“境外債券市場”領域中。該報告提出從增加發行標的、建立國際性信用評等規范、提供合理的稅賦優惠、擴大投資誘因、加強給付結算作業制度配合等方面建構和發展“境外債券市場”。
第四，修正國際債券法規的相關規定。相關規定的修正，可使以外幣計價的債券能夠順利發行，不會因法規的限制而降低外幣債券發行意愿。
第五，加強債券交易系統的改革。以前的交易系統偏重于島內的債市交易，提升臺灣債市的國際參與度則需要重建或改善交割、結算及競價等交易系統。
此外，島內也有人提出改革和完善借券、債券融券制度；減免外資投資島內債券市場的稅賦、吸引外資入市等建議，均可能成為臺灣當局改進債券市場的努力方向。（本文作者朱磊系中國社會科學院臺灣研究所經濟研究室主任 經濟學博士）
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