80年代后期，由于臺灣當局拒絕兩岸“三通”，奉行單向的開放政策，限制大陸民眾與臺灣的正常交往，在沿海地區出現了大陸居民私渡去臺的現象。臺灣軍警對大陸私渡入臺人員采取不人道的強制“并船遣返”的做法，致使臺灣海峽連續發生數起大陸同胞在遣返過程中遭受人身傷亡的事件。1990年7、8月間，發生了因“并船遣返”導致25人被集體釘在船倉內窒息死亡，以及21人因遣返船被臺軍艦撞擊落水身亡等兩起慘劇，臺灣軍警的殘暴行徑遭到兩岸人民的一致譴責。

　　1990年8月，為避免再次出現死傷悲劇，切實解決私渡人員的遣返問題，中國紅十字總會向臺灣紅十字組織建議，雙方簽定遣返作業協議，將私渡人員遣返納入規范程序，使遣返作業在兩岸紅十字會組織的見證下進行。背受強大輿論壓力的臺灣當局，對于中國紅十字總會的建議很快作出了積極的回應。考慮到簽署協議需要實地考察遣返路線，同時也為了照顧臺灣方面希望保密的要求，雙方決定協商地點定在當時尚未解除“戒嚴”、仍是國民黨“戰地”的金門島。

　　1990年9月11日上午，中國紅十字總會秘書長韓長林等4人乘坐一艘懸掛白底紅十字旗的鐵殼船，從廈門東渡碼頭出發，徑直朝金門方向航行。在下榻的“仁愛新莊”，韓長林等與臺灣紅十字組織秘書長陳長文等就兩岸紅十字組織參與見證主管部門執行海上遣返事宜進行了協商，并于12日簽署了協議。雙方本著切實解決問題、回避目前尚難以解決的兩岸政治分歧的務實精神，就見證遣返的原則、對象和遣返程序等方面作了明確的規定。

　　“金門協議”雖然是以兩岸紅十字組織的名義簽署的協議，但卻得到兩岸官方的認可和授權。1990年10月8日，雙方根據“金門協議”第一次順利進行了海上遣返工作，首批55名私自渡海去臺的大陸居民從馬祖回到了福州馬尾港。此后，共有120多批近2萬名違反有關規定進入對方地區的兩岸居民和刑事嫌疑犯、刑事犯循“金門協議”的模式完成遣返。

　　“金門協議”的簽署，不僅保證了兩岸遣返作業的順利進行和兩岸同胞的生命安全，也為其后兩岸的授權民間機構的商談打下了良好的基礎。

　　隨著兩岸經貿交流的迅速發展，人員往來以及各項交流活動的不斷擴大，逐漸衍生出了一些有關兩岸人民權益的棘手問題，有感于有共同解決事務性、功能性問題的迫切需要，兩岸于1993年4月舉行了的“汪辜會談”，并簽訂了四項協議，邁出了兩岸關系上具有歷史意義的重要一步。