臺“最高法院”則指出，收到上訴書之后，因屬于重大社會矚目案件，依規定會優先分案審理；至于會不會在“大選”前宣判，要看收案的合議庭態度。
另據報道，臺檢方對馬英九特別費案提起上訴，還強調希望讓臺“最高法院”統一見解，有島內法官批評這根本就是推責任；也有檢察官說簡直是自我矮化，已失檢察體系的主體性。
有法官質疑，特別費性質的認定如果真有爭議，“法令”規定不明確，依法利益應歸被告，檢方當初怎么會起訴？起訴一再被判無罪后，為何還提上訴？另有法官說，過去從沒聽過檢方內部意見不一致，要靠臺“最高法院”來統一見解，提供檢方辦案參考。
也有檢察官認為，“天底下沒有檢察官上訴的目的，是要最高法院再為地院（地方法院）、高院背書”。
另一位檢察官認為，臺“最高法院”一個庭表示意見后，檢察官就完全接受、臣服，豈不代表檢察官原來的堅持及“法律”確信都是假的？（周先）
附：臺“高檢署”上訴書列舉四項上訴理由：
一、證據能力問題，“高院”判決認為臺當局“行政院主計處”、“法務部”對于特別費屬于薪資實質補貼的法律見解，“高檢”認為法律見解屬于“傳聞證據”，沒有證據能力。
二、“定額統籌概算型費用”是“高院”判決書中自創的看法，特別費領據列報就屬于定額統籌概算型費用�！案邫z”質疑，現行預算、審計、主計、會計“法規”都沒有這個概念，也沒有“法源”依據，判決依據為何？
三、“高院”判決指“領據特別費”的核銷程序多年來已形成行政慣例，并產生“行政習慣法”的效力。“高檢”反駁，特別費到底是薪資實質補貼或一定要因公支用，爭議不斷，并未形成行政慣例。
四、“高院”判決認為“領據特別費”是薪資實質補貼，用領據請領后即視為因公支出，但又非個人所得；或稱已喪失公款性質，而屬于具領“首長”所有；或屬于“首長”個人所有，應做為公務上之交際應酬犒賞使用�！案邫z”認為明顯地前后論述不一，互相矛盾。
