面對南海局勢的新變化、新形勢，海峽兩岸需要突破政治僵局，站在整個中國與全民族的高度，加強在南海問題上的合作，共同維護中國的南海主權與權益，共同維護中華民族的共同利益。
第一，海峽兩岸需要繼續共同強化中國對南海主權的話語權，增進兩岸的海洋維權共識。“主權在我”或中華民族擁有南海主權，是海峽兩岸的基本共識。海峽兩岸在處理南海爭端問題上，要繼續堅定堅持與強化中國或海峽兩岸對南海主權的認知。在此基礎上，樹立海峽兩岸有責任、有義務共同維護南海主權的思想與意識，為海峽兩岸未來以實際行動維護南海主權與權益創造必要的條件。
第二，海峽兩岸在共同維護南海主權與權益問題上可分步聚、分層次與分部門展開合作。首先是繼續擴大兩岸民間學術與智庫機構在南海合作問題上的交流，形成海峽兩岸民間共同維護南海主權與權益的廣泛社會輿論與氛圍。其次，海峽兩岸的漁業、海洋、能源、旅游等不同部門可分別展開本領域的南海合作。再次，推動海協會與海基會共同成立南海問題工作小組，作為一個長期性的南海合作機制。最后，將南海合作議題納入海協會與海基會的兩會協商，選擇適當時機簽署海峽兩岸南海合作協議，具體內容與細節由海峽兩岸共同協商決定。海峽兩岸可考慮與籌劃，共同研究與制定合作開發南海資源的長期發展大戰略，并作為未來中華民族復興的百年大計。
第三，海峽兩岸在南海合作策略上要處理好維護主權與爭取經濟利益的關系。海峽兩岸在共同維護中國南海主權這一基本原則下，在目前兩岸軍事合作與軍事協防無法推動的情況下，可進行功能性、事務性、經濟性的合作，重點放在通航與航運安全、氣象監測、生態環境保護、漁業捕撈、海洋資源開發尤其是油氣田開發以及南海旅游等方面。其重中之重則是海峽兩岸加強南海油氣資源合作開發、南海旅游合作與漁業捕撈合作以及共同護漁、護航，既可彰顯中國主權，又能獲得經濟利益。在兩岸政治關系有所改善與條件成熟后，海峽兩岸再推動在南海的軍事合作與軍事協防問題，用軍事力量維護中國的南海主權與權益。
第四，將南海協防合作作為建立兩岸軍事互信機制的突破口。建立兩岸軍事安全互信機制已成為海峽兩岸共同關注與討論的重要問題，但一直受制于兩岸的政治現實沒有實質性進展。由于南海問題日益突出，成為海峽兩岸的共同挑戰與迫切需要解決的重要問題，海峽兩岸可就南海的軍事協防與軍事合作問題進行討論與協商，甚至簽署專門性的合作協議。南海相關國家甚至美日等也最害怕兩岸在南海問題上的合作。臺“國安局長”蔡得勝在“立法院”報告時表示，包括菲律賓、印度尼西亞、越南等周邊國家官員不管在公開或私下，都一再要求臺灣不要跟大陸聯手。如果海峽兩岸在南海問題上實現軍事合作，必會形成一個巨大的“合力”，會對相關國家侵占南海主權與權益形成強大威懾力量，有助于維護中國的主權與疆海。特別是在條件成熟時，海峽兩岸應共同建設與維護太平島，將太平島作為兩岸軍事合作的試點與維護中國南海主權的軍事基地。
第五，海峽兩岸需要妥善解決臺灣在南海的地位與角色問題以及臺灣參與《南海各方行為宣言》問題。臺灣是南海問題直接相關的“五國六方”（或“六國七方”）之一的“一方”，但因臺灣不是主權國家，只是一個經濟體或政治實體，盡管一直宣稱“中華民國”擁有南海主權，但卻因兩岸關系的特殊性與政治對抗性未能直接參與到《南海各方行為宣言》的討論與協商之中，被排除在外，被邊緣化。要在南海問題上合作，要發揮臺灣的獨特作用，尤其是利用南海最大島太平島的功能，需要率先協調與討論臺灣在南海問題上的角色。這又涉及臺灣參與國際空間問題，需要大陸全盤考慮，不妨以更開放的姿態，在一個中國的框架下讓臺灣合理參與南海爭端處理機制，共同維護兩岸利益或中華民族利益。
另外，大陸首先亟待制定明確、詳細的《南海政策綱領》，建立中央統一的南海頂層設計與政策協調機制，建構“南海管理體系”，同時為兩岸南海合作預留準備。
當然，海峽兩岸南海合作 “知易行難”。海峽兩岸南海合作意義重大，影響深遠，具有很強的現實性、迫切性，并有學界的主張建議與設想，但要將這種設想變為現實，真正實現兩岸南海合作，仍然非常困難。只要海峽兩岸政治對抗與政治對立依舊存在，只要海峽兩岸沒有和平統一與維護整個中華民族利益的基本共識，兩岸在南海問題上的合作就非常困難，中華民族的利益就會受到損害，中華民族的歷史悲劇就會繼續。因此，只有海峽兩岸在南海問題上切實加強合作，既符合臺灣的利益，也符合大陸的利益，也才能維護中華民族的整體共同利益。
