據臺灣《中國時報》報道，吳敦義等待三十余天后將繼任臺灣地區副領導人。當追查、研究三一九槍擊案成為副手任務之一，無疑是艱巨挑戰，稍一不慎就會出現政治后座力。
三一九槍擊案已屆八年，即使臺灣檢方特偵組重啟調查，呂秀蓮仍質疑槍擊案疑點重重，即使國民黨榮譽主席連戰也擔心三一九成為“歷史懸案”，當“福小姐”、朱浤源長年奔走，追查槍擊案真相在八年后竟成藍綠公約數。檢視這起當年驚天動地的槍擊事件，早跳脫刑案本質，從藍營群眾凱道反扁，直到“刑事局”、民間真調會報告出爐，槍擊事件仍是信者恒信、不信者恒不信。
二○○四年臺灣“大選”后，民進黨當年行使“抵抗權”阻撓真調會查案，國民黨也發動“倒閣案”，“朝野”在“立法院”緊張對峙、相互封殺對方提案，其間還有紅衫軍倒扁上街，藍綠陣營簡直殺紅眼。
當馬英九上任后，追查槍擊案轉為臺面下進行，確實沒太多進展，國民黨中央鮮少碰觸此議題，就怕激化“朝野”對立。
其實，諸如美國肯尼迪總統遭槍擊，繼任的約翰遜一度大嘆自己是“非法接班人”，背負著槍擊案陰影；尼克松因水門事件下臺，繼任的福特卻特赦尼克松，帶領美國人走出朝野分裂的陰影。兩件引發當時美國朝野極端對立的個案，卻因不同的處理方式有截然不同的政治后果。
報道稱，當吳敦義以副手身份項目研究三一九案，即使可對黨內大老交代，也安撫深藍的歷史傷口，勢必也無可回避藍綠對立的敏感課題；要當約翰遜與福特，吳敦義必須仔細斟酌。
