臺灣《聯合報》民調結果顯示，馬英九兩岸政策方面的表現最受肯定。有44.9%民眾稱滿意，39.6%民眾不太滿意，其他方面約15%。臺灣淡江大學大陸所所長張五岳指出，如今兩岸關系和臺海和平趨于穩定，民調反映了這個結果。
臺大政治系教授王業立指出，馬英九兩岸政策表現與歷次民調結果一致，顯示民眾對馬英九推動兩岸交流等，持正面態度。
王業立更認為，兩岸交流進入深水區，會有很多瓶頸；民眾對于政治談判并沒有太多共識，加上馬英九也沒有意愿，因此不急著推動。
不過，臺大經濟系教授林建甫認為，五成七民眾主張兩岸要繼續擴大交流，遠超過認為不必要的三成二，因此當局可以大膽地擴大兩岸交流。
臺灣中山大學政治所所長廖達琪表示，菲船射殺臺灣漁民事件，挑戰了馬英九的外事能力；此事件發生在民調之后，否則以馬英九最初未掌握狀況，反應不夠明快來看，想必對馬英九的滿意度雪上加霜。
王業立也認為，一開始馬英九反應不很強烈，民眾并不滿意；直到11日晚才發出強烈聲明，未來馬英九的處理方式，是否提升民眾滿意度，仍待觀察。
張五岳則說，現在民眾期待當局升高對菲律賓的壓力，還有很多情緒性的想法，但馬英九必須考慮臺灣利益，而且王牌也不能一次出盡，所以當局的做法一定與民眾的情緒反應有些落差。
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